Wolverine l'immortale

Nel 1945, Logan è tenuto prigioniero in una cella sotterranea a Nagasaki. Durante lo scoppio della bomba atomica, Logan salva un soldato di nome Yashida che rimane piuttosto sorpreso dai poteri del mutante.

Ai giorni nostri, Logan vive come un eremita, in voluto isolamento sulle montagne dello Yukon, dove sperimenta allucinazioni riguardo a Jean Grey (Famke Janssen), la donna mutante che amava e che è stato costretto a uccidere un anno prima. Per questo Logan si è imposto di non fare più del male a nessuno nella sua lunghissima vita da immortale. Viene localizzato da Yukio (Rila Fukushima), una giovane mutante che ha il potere di prevedere le morti altrui, al servizio di Yashida, ora divenuto il capo di una potente corporazione tecnologica in Giappone. Yashida sta morendo e vorrebbe che Yukio portasse Logan in Giappone per dirgli addio e ringraziarlo per avergli salvato la vita nel 1945.

Riluttante, Logan accetta e si reca a Tokyo. Qui fa la conoscenza di Mariko, la nipote di Yashida, e figlia di Shingen, il figlio di Yashida. Il vecchio e morente Yashida fa una proposta a Logan: trasferire le straordinarie abilità rigenerative del mutante nel suo corpo per diventare immortale al suo posto. Yashida, infatti, capisce che Logan vede il dono dell'immortalità come una maledizione, ormai. Logan tuttavia rifiuta e decide di andarsene il giorno dopo. Nella notte Viper, la dottoressa che segue Yashida, introduce qualcosa nel corpo del mutante; Logan, però, scambia tutto ciò per un incubo, non preoccupandosene.

Il giorno dopo Yashida muore. Durante il funerale la Yakuza tenta di rapire Mariko. Logan cerca di salvarla ma viene ferito, accorgendosi di non riuscire più a guarire istantaneamente come prima. Aiutati da Harada, arciere e guardia del corpo di Mariko, Logan scappa con Mariko. Saliti su un treno Shinkansen, Logan deve fronteggiare nuovamente alcuni gangster della Yakuza, quindi decide di nascondersi con la ragazza in un hotel per coppie. Logan ha di nuovo alcune allucinazioni su Jean e perde i sensi a causa delle gravi ferite. Quando si sveglia, Logan scopre di essere stato curato da un veterinario, figlio della proprietaria dell'hotel, su richiesta di Mariko. Nel frattempo Harada incontra Viper che, dopo averlo minacciato con i suoi poteri, gli ordina di trovare Logan e Mariko.

Logan e Mariko giungono nella vecchia casa di Yashida a Nagasaki, dove decidono di trascorrere la notte ed entrano in intimità. Logan decide di svelarle qualcosa in più sul suo passato, in particolar modo su Jean Grey. Intanto Yukio prevede la morte di Logan e lo raggiunge per avvertirlo. La mattina seguente Mariko viene rapita dalla Yakuza. Yukio incrocia Logan e insieme si recano da Noburo Mori (Brian Tee), un corrotto ministro della giustizia in affari con Shingen e promesso sposo di Mariko. Logan interroga Mori e scopre che Shingen ha ordinato la morte di Mariko per avere il controllo della società del padre che, invece, ha lasciato in eredità alla nipote.

Mariko viene portata al cospetto di suo padre Shingen ma prima che questi ordini di ucciderla viene portata via dai ninja al servizio di Harada. Logan vuole scoprire il perché non riesce più a guarire, così torna a casa di Yashida a Tokyo e tramite un macchinario diagnostico scopre che Viper ha introdotto un parassita nel suo cuore che gli impedisce di usare il suo fattore di guarigione. Logan decide, dunque, di aprirsi il torace con gli artigli e strappare via da solo il parassita, anche se Yukio lo avverte che così morirà. Nel frattempo Shingen entra nella stanza e ingaggia una lotta con Yukio; nel frattempo Logan si libera dal parassita e, nuovamente in possesso del fattore di guarigione, ferma Shingen e lo uccide.

Logan rintraccia Mariko ma viene catturato dagli uomini di Harada e imprigionato da Viper che intende ancora appropriarsi del suo fattore di guarigione. Mariko riesce a fuggire dalle braccia di Harada e salva Logan, liberandolo. Viper scatena il Silver Samurai, un'armatura robotica fatta di indistruttibile adamantio, che con la sua spada incandescente taglia gli artigli di adamantio di Logan e inizia a drenare il suo fattore di guarigione. Harada, deciso a redimersi, viene ucciso dal robot nel tentativo di aiutare Logan. Yukio entra nella struttura e ingaggia una lotta mortale con Viper, mentre Logan continua a combattere il malvagio Silver Samurai. Distruggendo una parte dell'armatura di Silver Samurai scopre che al comando del robot c'è Yashida, che ha finto la sua morte, e che grazie al fattore di guarigione riacquista la giovinezza, mentre Logan comincia a morire. Mariko tuttavia accoltella il nonno e salva Logan, il quale rigenera i suoi artigli di osso e riesce a uccidere Yashida. Logan collassa a terra e ha una nuova allucinazione di Jean la quale lo invita a lasciarsi andare, morire e raggiungerla; Logan, però, rifiuta, dicendo che è suo dovere fare ciò che ha fatto, e così facendo fa sparire per sempre i tormenti di Jean dai suoi pensieri.

Mariko diventa presidente della società tecnologica di famiglia e dice addio a Logan, il quale decide di tornare negli Stati Uniti d'America. Yukio lo segue, definendosi la sua guardia del corpo. Una volta saliti sull'aereo, Logan dice a Yukio di non sapere dove andare e che decideranno strada facendo.