Animali fantastici e dove trovarli

New York, 1926. Lo studioso di creature magiche britannico Newt Scamander (Eddie Redmayne) arriva a New York, per quella che dovrebbe essere una breve sosta nel suo viaggio. Mentre Newt assiste ad un comizio di Mary Lou Barebone (Samantha Morton), leader del movimento estremista dei Secondi Salemiani, che mira a scovare ed uccidere tutti i maghi e le streghe, uno Snaso, una creatura attratta dagli oggetti preziosi e da tutto ciò che luccica, scappa dalla sua valigia, in cui sono contenute numerose creature magiche. Newt cerca di catturare lo Snaso, ma inavvertitamente trascina nella sua ricerca anche Jacob Kowalski (Dan Fogler), un Babbano (No-Mag), che prende per sbaglio la valigia di Newt. Jacob lavora come operaio in una fabbrica di cibo in scatola, ma è stanco del suo lavoro e vorrebbe aprire una pasticceria, e quel giorno si era recato in banca per tentare, senza successo, di ottenere un prestito a tale fine. L'ex-Auror Porpentina "Tina" Goldstein (Katherine Waterston) arresta Newt e lo conduce al MACUSA (il Magico Congresso degli Stati Uniti d'America), ma la presidentessa Seraphina Picquery (Carmen Ejogo) e l'Auror Percival Graves (Colin Farrell) mandano via entrambi. Nel frattempo, nel suo appartamento, Jacob apre la valigia di Newt, da cui escono diverse creature magiche: una di esse, un Purvincolo, morde Jacob, mandandolo in stato confusionale.

La fanatica Mary Lou gestisce un orfanotrofio in cui insegna agli orfani a odiare i maghi e le streghe. Credence Barebone (Ezra Miller), uno degli orfani, viene avvicinato più volte da Graves, che lo incarica di trovare un bambino posseduto da un Obscurus, una forza oscura creata involontariamente dai bambini maghi che tentano di nascondere e rifiutare i loro poteri. Graves ritiene che l'Obscurus sia la causa dei misteriosi incidenti accaduti a New York nell'ultimo periodo, e promette a Credence di portarlo via dall'orfanotrofio.

Tina porta Newt e Jacob nel suo appartamento, dove vive insieme a sua sorella Queenie, una Legilimens, di cui Jacob si invaghisce. Newt mostra a Jacob l'interno della sua valigia e lo convince ad aiutarlo a trovare le creature scomparse. Dopo aver nuovamente catturato lo Snaso e un Erumpent, Newt e Jacob tornano all'interno della valigia; Tina prende la valigia e la porta al MACUSA. Nel frattempo l'Obscurus continua a seminare il panico in città, uccidendo il senatore Henry Shaw Jr. durante un comizio. Al MACUSA gli Auror arrestano Newt, Tina e Jacob, credendo che sia stato uno degli animali di Newt a uccidere il politico, e confiscano la sua valigia, scoprendo la presenza di un Obscurus nella valigia (però inoffensivo poiché Newt l'aveva diviso dal suo ospite). Jacob viene portato via per essere Obliviato (ossia sottoposto ad un incantesimo di memoria, che gli faccia dimenticare ciò a cui ha assistito) mentre Graves interroga Newt e Tina. Il mago li condanna entrambi a morte, ritenendo che Newt sia un seguace del temibile mago oscuro Gellert Grindelwald (Johnny Depp), ricercato dalla legge del mondo della magia, ma Queenie li salva insieme a Jacob.

Dopo aver ricevuto una soffiata dal goblin gangster Gnarlack (Ron Perlman), i quattro riescono a catturare gli ultimi animali fuggiti, un Demiguise ed un Occamy, e li riportano nella valigia. Credence intanto scopre una bacchetta magica sotto il letto di sua sorella Modesty, che ritiene essere l'ospite dell'Obscurus. Mary Lou li scopre e crede che la bacchetta sia di Credence, ma Modesty si prende la colpa. Quando Mary Lou si prepara a frustare Modesty, l'Obscurus compare ed uccide Mary Lou e un'altra ragazza. Graves giunge sul posto per prendere Modesty e caccia via Credence, definendolo un Magonò e affermando che non lo avrebbe mai aiutato ad andare via. Credence rivela di essere lui l'ospite dell'Obscurus (cosa incredibile poiché fino a quel momento non era mai stato documentato nessun caso di bambini posseduti da Obscurus arrivati oltre i dieci anni di vita). Devastato dal dolore e dalla rabbia per il tradimento di Graves, Credence libera l'Obscurus su New York City.

Newt e Tina si lanciano all'inseguimento di Credence per cercare di aiutarlo. Tina riesce a parlare con Credence, che si tranquillizza (perché aveva già conosciuto Tina quando questa lo salvò da una delle angherie della madre, motivo per cui lei venne sollevata dall'incarico di Auror) e ritorna in forma umana, ma l'arrivo di Graves e degli Auror del MACUSA spaventa il ragazzo, che viene sopraffatto dagli incantesimi e sembra morire. Newt però nota un piccolo brandello di Obscurus volare via, indicando che è sopravvissuto. Graves si infuria con Picquery, rivelando che aveva intenzione di tenere l'Obscurus in vita in quanto voleva usarlo per rivelare l'esistenza del mondo magico ai Babbani, e accusa il MACUSA di favorire, attraverso il suo Statuto di Segretezza, gli interessi della comunità non-magica anziché quelli dei maghi. Picquery ordina di arrestare Graves, che dopo una breve lotta viene sopraffatto. Newt usa l'incantesimo Revelio, che serve per rivelare le vere sembianze di una persona, su Graves: si scopre così che Graves in realtà è Grindelwald camuffato. Grindelwald viene arrestato e portato via.

A questo punto l'esistenza della comunità magica sarebbe inevitabilmente svelata, in quanto non si può pensare di Obliviare una città intera; Newt risolve la situazione liberando il suo Tuono Alato Frank (la vera ragione per cui il magizoologo si era recato in America era infatti liberare Frank nel suo habitat naturale, l'Arizona, dopo averlo salvato mentre era prigioniero in Egitto; vista la grave situazione di New York e data l'impossibilità per Newt di girare con delle creature magiche sul suolo americano a causa delle leggi del MACUSA, la liberazione del Tuono Alato avviene a New York) e facendogli diffondere tra le nuvole una fiala di veleno di Velenottero, una sostanza che provoca amnesia. Si genera quindi un temporale Obliviante, la cui acqua cancella i ricordi di tutte le persone che tocca, in particolare di tutti i Babbani che hanno assistito agli avvenimenti magici di quei giorni, mentre i funzionari del MACUSA riparano magicamente tutti i danni subiti dalla città. Su ordine di Picquery, i tre maghi devono cancellare la memoria a Jacob, ma a malapena riescono a dirgli addio, specialmente Queenie, ormai innamorata di Jacob; così decide lui stesso di auto-Obliviarsi, esponendosi alla pioggia, ricevendo poco dopo un bacio dalla stessa Queenie, prima di dirsi addio. Newt si prepara a partire per ritornare in Europa, promettendo a Tina di tornare per consegnarle di persona una copia del suo libro sulle creature magiche, che ha scritto. Grazie a dei pezzi d'argento di uovo d'Occamy che Newt ha fatto trovare a Jacob, quest'ultimo riesce a guadagnare il denaro necessario per aprire la pasticceria, che riscuote molto successo e in cui Jacob confeziona paste e dolci dalle forme simili agli animali magici che ha conosciuto con Scamander, anche se, essendo stato Obliviato, dice di non capire come gli vengano le idee per tali forme. Queenie si reca al negozio di Jacob, il quale, osservandola, sembra ricordarsi qualcosa degli eventi passati.