Tartarughe Ninja II - Il segreto di Ooze

Il film riprende dagli eventi finali della pellicola precedente. Le Tartarughe Ninja e il loro maestro Splinter (Kevin Clash) si sono trasferiti nella casa della reporter April O'Neil (Paige Turco), loro amica umana e hanno stretto amicizia con Keno (Ernie Reyes Jr.), un ragazzo che consegna le pizze a domicilio. Intanto i membri rimasti del Clan del Piede si sono radunati in una discarica, nella quale Tatsu (Toshishiro Obata), il braccio destro del loro ex-leader Shredder (François Chau) intende diventare il nuovo capo. Improvvisamente però il temibile Shredder risorge dai rifiuti, sopravvissuto allo scontro finale ma con il corpo orribilmente sfregiato. Egli riprende il comando del Clan del Piede e giura vendetta contro le Tartarughe e il loro maestro.

April sta facendo un reportage su un'industria chimica chiamata TGRI, per fondere le accuse rivolte al centro per gli effetti inquinanti dei loro esperimenti. Il capo degli scienziati, Il Professor Jordan Perry, ha infatti scoperto un campo di denti di leone mutati dagli scarti tossici del centro. Il maestro Splinter, mentore delle Tartarughe mostra a loro un contenitore metallico vuoto contenente un tempo uno scarto tossico chiamato Ooze, che gli aveva mutati anni prima in super-animali, realizzato proprio dalla TGRI, come dimostra la sigla sopra di esso.

Di notte, Tatsu si intrufola nella TGRI per rubare l'ultimo campione di Ooze da portare a Shredder e nonostante l'intervento delle Tartarughe, Tatsu riesce all'impresa rapendo anche il Prof. Perry. Shredder ordina a Perry di sottoporre una tartaruga azzannatrice e un lupo all'Ooze tramutandoli così in due animaleschi guerrieri mutanti, Tokka e Rahzar, che, nonostante siano stupidi, Shredder decide di usare come armi di distruzione.

Intanto, Splinter e le Tartarughe hanno creato una nuova dimora situata nella zona di una vecchia stazione metropolitana abbandonata. Raffaello (Kenn Scott), in compagnia di Keno, si intrufola con successo nel covo di Shredder, ma vengono scoperti e mentre Raffaello viene catturato, Keno fugge e informa del pericolo le altre tre Tartarughe che partono per salvare il fratello. Arrivati, Le Tartarughe liberano Raffaello e il Prof. Perry, che consegna a loro l'antidoto contro gli effetti dell'Ooze.

Le Tartarughe poi si scontrano furiosamente contro Tokka e Rahzar, in una battaglia che dura fino a una discoteca (nella quale il cantante Vanilla Ice improvvisa una canzone rap per le Tartarughe). Le Tartarughe iniettano l'antidoto a Tokka e a Rahzar prima facendogli magiare delle ciambelle contenenti l'antidoto e poi usando degli estintori per favorirne l'effetto chimico, facendoli tornare ad essere animali normali. Dopodiché, le Tartarughe sconfiggono Tatsu. Shredder irrompe improvvisamente nella discoteca minacciado i presenti con dell'Ooze. Le Tartarughe però riescono a farlo schizzare fuori dall'edificio con un potente suono di autoparlante al massimo volume e consegnano l'Ooze a Perry.

Così le Tartarughe vanno a cercare Shredder sul pontile dove era caduto e lì ritrovano il cattivo, che ha bevuto l'ultima fiala di Ooze trasformandosi in un abnorme mostro rettiloforme, Super-Shredder che tenta di eliminare i Ninja facendo crollare le travi di sostegno. Tuttavia le Tartarughe si salvano mentre a morire è Shredder.

Alla fine del film le Tartarughe tornano nella nuova casa dove li aspetta un arrabbiato Splinter che infatti ha appena scoperto delle loro foto scattate in pubblico durante la battaglia in discoteca. Mentre li punisce, Splinter si diverte a canticchiare la loro canzone rap.