Tartarughe Ninja alla riscossa

In una tetra New York preda di criminalità gestita dal Clan del Piede, iniziano a fare segnalazioni di quattro misteriosi e sfuggenti paladini che cacciano i criminali. La giornalista April O'Neil (Judith Hoag) indaga sul loro conto. I giustizieri in realtà non sono altro che le Tartarughe Ninja: Leonardo (David Forman), Raffaello (Josh Pais), Donatello (Leif Tilden) e Michelangelo (Michelan Sisti), rettili umanoidi abilissimi nelle arti marziali, ghiotti per la pizza e che vivono nelle fogne insieme al loro sensei e mentore Splinter, un ratto antropomorfo.

Intanto April continua a fare sorprendenti scoperte della crescita della criminalità e per questo il crudele capo del Clan del Piede, Shredder (James Saito), intende ucciderla per farla tacere e così manda alcuni ninja ad attaccarla alla metropolitana. La giovane viene però salvata da Raffaello, che la conduce nel loro covo. Lì Splinter le racconta le loro origini: un tempo infatti erano quattro normali tartarughe ed un ratto (appartenente una volta ad un maestro ninja, Hamato Yoshi), che diventarono grandi ed intelligenti dopo essere venuti a contatto con un misterioso intruglio radioattivo scaricato nelle fogne.

Le Tartarughe poi riaccompagnano April al suo appartamento ma al ritorno scoprono il loro covo distrutto (per via di un ninja del Piede che aveva seguito Raffaello mentre portava in salvo April) e Splinter rapito. April decide allora di ospitarle a casa sua. Intanto tra i membri del Clan (composto da ragazzi fuggiaschi ingannati da Shredder e resi guerrieri) c'è Danny Pennington (Michael Turning), il figlio del capo di April, Charles, che libera il figlio dopo che quest'ultimo è stato arrestato per rapina. Durante una visita a casa di April da parte di Charles e Danny, il ragazzo viene a conoscenza delle Tartarughe e quindi fornisce informazioni a Shredder su dove si trovino.

Ben presto un esercito del Clan del Piede attacca le Tartarughe all'appartamento di April, ma riescono lo stesso a batterli grazie all'intervento di Casey Jones (Elias Koteas), un giovane vigilante mascherato, ma durante lo scontro Raffaello viene gravemente ferito e l'appartamento di April prende fuoco. Le Tartarughe, Casey e April si trasferiscono nella vecchia villa in campagna dei parenti di lei. Durante questo periodo April viene a sapere di essere essere stata licenziata da Charles mentre Raffaello riprende i sensi e si riappacifica con i fratelli. Le Tartarughe poi localizzano Splinter mediante una meditazione e tornano a New York intenti a salvarlo.

Nel frattempo Splinter simpatizza con Danny esprimendogli lo sconforto che prova per l'uccisione del suo maestro, Hamato Yoshi, da parte di un ninja avversario chiamato Oroku Saki, ossia Shredder da giovane. Quando Danny viene a sapere che Shredder intende giustiziare Splinter, ha un ripensamento e decide di ribellarsi al Piede liberando Splinter con l'aiuto di Casey. Gli eroi si riuniscono e si preparano per la battaglia finale contro Shredder. La feroce lotta contro l'intero Clan del piede si svolge prima sulle strade e poi sui tetti di New York, dove le Tartarughe sconfiggono i guerrieri mentre Shredder viene apparentemente ucciso da Splinter, che lo fa cadere in un camion dell'immondizia dove Casey lo stritola attivando il compattatore.

Alla fine del film, Danny si riunisce con Charles e fanno la pace, April viene riassunta e si fidanza con Casey mentre le Tartarughe e Splinter si riuniscono per poi inventare il celebre grido da battaglia Cowabunga.