Madagascar

I protagonisti del film sono Alex, un leone, Martin, una zebra maschio, Gloria, un ippopotamo femmina e Melman una giraffa ipocondriaca maschio, quattro animali dello zoo di Central Park a New York, vicini di recinto ed amici inseparabili, poiché il leone è pacifico, ben nutrito a bistecche da parte dei veterinari. Alex è anche al centro dell'attenzione dello zoo, dato che davanti agli umani, in visita al suo recinto, si esibisce ballando ed è la star animale della città, ossia il "Re di New York", come nome d'arte.

Un giorno, nel compleanno di Martin divenuto adulto come i suoi amici, un gruppo di pinguini formato da Skipper il capo, Rico (John DiMaggio), Kowalski (Chris Miller) e Soldato (Christopher Knights), anche loro animali dello zoo, tentano di scappare verso l'Antartide scavando un tunnel, ma, essendo impossibile, finiscono per sbaglio nel recinto di Martin, al quale accennano in segreto il loro piano di fuga. Martin comincia così a pensare al mondo naturale al di fuori delle mura dello zoo e vorrebbe scappare anche lui, come desiderio del suo compleanno. Sembra che i suoi tre amici siano riusciti a fargli cambiare idea, ma nella notte Martin fugge ed Alex, Gloria e Melman vanno a cercarlo per riportarlo indietro.

Degli animali selvaggi al centro di New York non passano inosservati, ed infatti alla stazione centrale una vecchietta atletica picchia Alex in modo selvaggio, mentre arrivano i poliziotti, il capo-controllo animali e i vigili del fuoco che li isolano. Alex cerca di parlare ai sapiens (così gli animali chiamano gli uomini), ma questi interpretano male i suoi movimenti e pensano che voglia attaccarli, addormentano gli animali con freccette narcotizzanti e li catturano insieme ai pinguini e alle due scimmie Phil e Mason, che li hanno seguiti dallo zoo.

Gli animali sono quindi spediti via nave in una riserva naturale africana in Kenya. Durante il viaggio sull'Oceano i pinguini, dopo aver saputo la destinazione dalle scimmie sul cartello (che come mammiferi evoluti sanno leggere), riescono però ad aprire il lucchetto della propria cassa con una graffetta sputata da Rico, e, messo al tappeto il capitano, prendono il controllo della nave per dirigersi verso l'Antartide. Ma, nella concitazione delle manovre, le casse di Martin, Alex, Gloria e Melman rovesciano in mare ed essi si ritroveranno poi su una spiaggia africana che risulterà in seguito essere dell'isola di Madagascar. Pensando sia San Diego solo all'inizio, Martin è contento di vivere nella natura e nella poca savana del Madagascar, pur vedendo che è minacciata dai feroci e carnivori fossa, con il loro capo Ferox.

Qui i protagonisti trovano anche dei lemuri, capitanati dall'autoproclamato Re Julien XIII, un lemure istrionico ma simpatico, che, accompagnato dai due consiglieri, cioè l'aye-aye Maurice ed il microcebo pigmeo Mortino, vive con i suoi simili sopra un gigantesco baobab, dove vi è intrappolato e crollato anche un aereo di uomini morti, in cui si fanno le riunioni tra animali erbivori del posto ed in cui i lemuri possono prendere degli oggetti usati dagli umani. Julien è costretto a rinunciare al dominio su tutta la spiaggia a causa dei fossa, che sbranano i suoi compagni e interrompono le loro feste rurali, ma dopo che Ferox vede Alex e se ne scappa con i suoi simili alla sua vista, il lemure decide di diventare amico del leone e degli altri animali nuovi, per essere difeso da loro, ed accoglie i protagonisti con calore.

Dopo una giornata di liti tra Alex e Martin, poiché il primo voleva tornare a New York, i due fanno pace ed il leone comincia ad adattarsi alla natura, pur cercando di farla diventare una città, poiché è affamato e da giorni non mangia più bistecche da parte degli uomini. Intanto i pinguini, con le scimmie che si rinchiudono nelle caldaie della nave per non sentire freddo, arrivano in Antartide, ma scoprono come cosa contro-natura che il ghiaccio non fa per loro e decidono di tornare a New York, sempre con la nave.

Alex e Martin riappacificati se la spassano nello spazio aperto del Madagascar, facendo insospettire Ferox e tenendo lo stesso i lemuri al sicuro, ma nel corso della natura si riscoprono gli istinti animali dei protagonisti e la loro amicizia è messa a dura prova dalla fame di Alex. Infatti, il leone, ipnotizzato e pensando di vedere bistecche al posto di animali, dato che non ne mangia una da giorni, davanti ai lemuri ed ai fossa nascosti, morde Martin sul sedere. Martin domanda ad Alex perché lo ha morso. Ma persino Alex non riesce a comprendere tale cosa. Maurice interviene spiegando infine che Alex è un animale solamente carnivoro come i fossa e che il suo posto è solo tra quelli che seguono la sua natura di carnivori. Martin rinnega tale cosa, ma in quello stesso momento la fame riprende il sopravvento su Alex facendogli avere le visioni che i suoi amici sono bistecche e attacca Julien ed i suoi sudditi. Maurice e Julien rifugiatisi su una palma colpiscono Alex con una noce di cocco prima che questi riuscisse a saltare addosso a Martin in fuga.

Il colpo riesce a risvegliare Alex dall'ipnosi della fame. Alex si rattrista del suo comportamento non riuscendo a capire cosa stia diventando e quindi, scappa nella zona dei fossa in un rifugio di roccia consapevole che solo lì sa di non poter fare più del male a Martin e i suoi amici. Martin, Melman e Gloria, tornano alla spiaggia e tristi pure loro per Alex. Martin è rattristato per quello che è successo ad Alex, comprendendo che la natura come se l'era immaginata non corrispondeva alla realtà. Si sente responsabile per tutto quello che è accaduto. Ma a quel punto i protagonisti vedono arrivare la nave su cui erano stati caricati giorni fa, ora pilotata dai pinguini che, partendo dall'Antartide con destinazione New York e passando da quelle parti in mare, si sono fermati in Madagascar, vedendo Gloria e gli altri che li chiamavano dalla spiaggia di passaggio e volendoli aiutare. Visto che Martin è andato a prendere Alex per condurlo alla nave, Gloria crede che si voglia far uccidere, e così i pinguini organizzano un piano di salvataggio a cui collaborano anche lei e Melman. Martin, arrivato nel territorio dei fossa, cerca di convincere Alex ad essere di nuovo amici, ma Ferox ed i fossa, vedendo la zebra come un erbivoro, lo attaccano e lo inseguono per sbranarlo, però arriva Melman che lo salva, mentre Gloria ed i pinguini lottano contro i carnivori.

Purtroppo i fossa sono tanti e sembra che sia finita per loro, così come per le scimmie ed i lemuri appena arrivati. Ad un tratto però, arriva Alex che, convinto da Martin a tornare ad essere suo amico, fa credere ai fossa che i suoi amici fossero le sue prede, spaventandoli ed uccidendo con una zampata Ferox, il quale si fa ingenuamente scoprire dicendo "io", quando Alex lo indica come il capo dei fossa. Il territorio dei fossa e la spiaggia diventano possedimenti dei lemuri, ora liberi e commossi, mentre il loro re Julien, per ringraziare Alex della pace portata nella parte dell'isola, offre al leone la sua corona di foglie, mettendosi una corona-tulipano più grossa, ora che il suo regno si è allargato, e forse più in là deciderà di venire con i protagonisti a New York, lasciando il comando a Steve, il geco arancione muto, ma superdotato, che sta sulla sua nuova corona.

Durante la festa dei lemuri, i pinguini fanno mangiare ad Alex un pesce e il leone, gustandolo, dice che è meglio della carne e perciò non mangerà mai più bistecche, ma soltanto pesci per il resto della sua vita riuscendo così a ritornare pacifico. Così si scusa con Martin che, come regalo per lui, decide di tornare allo zoo, avendo raggiunto il suo scopo finale di adattarsi ad ambienti liberi, come del resto anche i suoi amici. I quattro protagonisti salgono sulla nave per tornare a New York insieme alle scimmie ma, mentre i lemuri li salutano, i pinguini discutono del fatto che la nave è senza carburante.