Buon Natale Madagascar!

Mentre a New York si festeggia la vigilia di Natale, Babbo Natale sta sorvolando il Madagascar quando all'improvviso la sua slitta, scambiata per una bomba, viene colpita da Alex (il "leone vegetariano"), che, sparandole delle noci di cocco con una palma (una specie di fionda), pensava che lui fosse il folletto rosso del buio (che bombardava furiosamente i lemuri con pietre nere, ogni 24 di "julienario" (festività al posto del Natale, in onore del re lemure Julien). Babbo Natale, bombardato dalle noci, precipita sull'isola e perde la memoria per il forte impatto. Solo allora Alex lo riconosce e capisce che le sue pietre nere erano carbone per Julien, data l'arroganza del lemure. Poiché Babbo Natale (che, non essendo veramente umano, sa parlare con gli animali) dice di non ricordare niente, Alex e i suoi amici, Marty la zebra, Melman la giraffa e Gloria l'ippopotamo, dovranno consegnare i regali di Natale a tutto il mondo, decidendo di farlo per avere poi in cambio un passaggio da parte di Babbo Natale fino al loro amato zoo di New York, dopo tutte le consegne. I loro amici pinguini (anche loro ex-ospiti dello zoo ed anche loro naufragati per sbaglio con i quattro sull'isola da Julien, in precedenza), guidati da Skipper, daranno una mano ai protagonisti, cospargendosi il corpo di benzina-polvere magica e facendo volare la slitta, poiché le renne si sono rifiutate (dato che odiano i pinguini per divario tra Polo Nord e Polo Sud (non si sa infatti dove abita veramente Babbo Natale, se nord o sud), anche se il pinguino Soldato si è innamorato di una renna, Dorina).

Inizialmente i quattro amici animali vogliono consegnare tutto ad un ufficio postale, ma dopo aver sorvolato il Canada ed essere piaciuti ad una bambina, s'inteneriscono e fanno di persona le consegne in tutto il mondo, pur stancandosi molto (congelati a Mosca, fulminati nella pioggia a Londra, ecc.), ma le consegne dei regali anche a New York e i pacchi destinati proprio a loro quattro (che contengono ciò che loro volevano), gli danno la forza di andare avanti nel lavoro, concludendolo in Groenlandia.

Nel frattempo, con l'aiuto di Babbo Natale (anche se non ricorda niente), re Julien impara ad essere meno arrogante e trasforma il julienario in una festa per tutti, non solo per lui, donando noci di cocco a tutti i lemuri e scoprendo l'altruismo (pure quando parla con la fidanzata immaginaria, cioè lo scheletro del pilota di un aereo caduto nel baobab).

I quattro amici sono pronti per prendere Babbo Natale e tornare a New York, ma nel serbatoio della slitta è rimasta polvere magica solo per andare in Madagascar, non per un altro viaggio: la scelta è tra New York o l'isola. I quattro scelgono il Madagascar, per salvare Babbo Natale. Tornano sull'isola la mattina di Natale e fanno recuperare la memoria a Babbo Natale, dopo un altro impatto.

Stupite dal fatto che i pinguini siano riusciti a consegnare i regali, le renne chiedono scusa a loro, mentre assistono alla scena d'amore tra Soldato e la renna Dorina: finalmente non più sud-polari o nord-polari, ma "popolari". Babbo Natale ringrazia tutti, toglie Julien e tutti quanti dalla lista dei cattivi e riparte con le renne, usando il serbatoio di riserva (anche per consegnare caldarroste ai bambini del Liechtenstein, l'unico Stato dove non sono atterrati i pinguini).

Alex e gli altri, che non sapevano di un altro serbatoio, non fanno in tempo a dire a Babbo Natale che vogliono tornare a New York, mentre lui sfreccia nel cielo. Ciò nonostante non sono tristi, anzi decidono di festeggiare il loro primo Natale in libertà nel Madagascar, loro habitat africano, essendo più felici che mai.

Il corto finisce con gli animali protagonisti che, per ricordare New York, danzano nella giungla dell'isola davanti a un mini-Rockefeller Center (una palma enorme con altre sovrapposte ricorda l'albero di Natale newyorkese).