La leggenda degli uomini straordinari

1899. Una terribile minaccia incombe sull'Inghilterra e sul mondo intero: il Fantasma, un avido criminale, intende conquistare il mondo. Questi, senza nessuna pietà, saccheggia Londra e la Germania, inscenando attacchi reciproci per far scoppiare una guerra internazionale: a Londra fa strage di poliziotti e rapina una banca con un finto panzer tedesco, mentre in Germania un gruppo di uomini travestiti da soldati inglesi rapisce degli scienziati e fa saltare in aria con un lanciarazzi un deposito di dirigibili pieni di idrogeno. Il Servizio Segreto di Sua Maestà, allora, contatta Allan Quatermain (Sean Connery), rifugiatosi in Africa per passarvi tranquillamente gli ultimi anni della sua vita. Un attacco ai suoi danni, con la morte di uno dei suoi amici, Nigel (David Hemmings), e quella dei locandieri (dilaniati da una bomba piazzata in una borsa appartenente ai soldati del Fantasma), convince Allan ad aderire al progetto e così fa ritorno in patria.

Qui M, l'uomo che l'ha contattato, lo presenta al resto del gruppo che lo accompagnerà nella missione: il Capitano Nemo (Naseeruddin Shah), che mette a disposizione il Nautilus; Skinner, che ha rubato la formula del siero dell'invisibilità al suo inventore, e la scienziata Mina Harker (Peta Wilson) . A questi si aggiungeranno l'invulnerabile Dorian Gray (Stuart Townsend) e l'agente speciale americano Tom Sawyer (Shane West), intervenuto in aiuto del gruppo durante un attacco da parte dalle forze del Fantasma in casa di Dorian. Mina rivelerà in quest'occasione la sua reale natura di vampira quando addenterà al collo, dissanguandolo, un uomo del Fantasma che l'aveva immobilizzata.

L'ultimo membro, il Dottor Jekyll, viene catturato dopo un inseguimento per i tetti di Parigi nelle vesti del colossale e fortissimo Mr. Edward Hyde e in seguito, nel Nautilus, convinto a partecipare alla missione in cambio dell'amnistia che il governo inglese gli avrebbe concesso. Il gruppo così formato inizia ad indagare e si dirige verso Venezia, dove sembra che le forze del male dovranno fare la prima mossa. Durante il viaggio però i membri di questa eterogenea squadra iniziano a sospettarsi tra di loro, e in particolare accusano Skinner di essere un traditore. A Venezia le potenze europee si devono trovare per cercare di evitare un conflitto mondiale, e il Fantasma ha intenzione di far fallire i negoziati. Il Fantasma ha infatti già piazzato delle bombe nelle fondamenta della città, che, palazzo dopo palazzo, inizia a crollare. La squadra riesce però a fermare questo effetto domino tramite un'esplosione controllata, e così la distruzione di Venezia viene scongiurata. Allan, così, insegue il Fantasma, che si rivela essere M stesso, che purtroppo fugge. A bordo del Nautilus c'è però un traditore: il vero obiettivo di M è infatti quello di rubare ai componenti della squadra i loro poteri e creare un esercito invincibile. I membri dell'equipaggio inizialmente credono che la spia sia Skinner, misteriosamente scomparso. Questa convinzione viene però smentita quando, per ordine di M, il vero traditore, che si rivela essere Dorian, ucciderà Ismaele, il primo ufficiale del Nautilus, e scapperà con un nautiloide da esplorazione. Diverso tempo dopo, M invia un messaggio audio al gruppo: grazie agli ultrasuoni nascosti nel messaggio stesso, farà esplodere una serie di bombe piazzate nella nave. Quanto detto avviene, il Nautilus subisce molti danni, ma nessuno resta ucciso, grazie a Mr. Hyde,che apre un boccaporto del sommergibile inaccessibile agli altri membri, facendo riemergere il Nautilus che stava affondando.

In Asia, Skinner, l'uomo invisibile, si ricongiunge ai compagni per sconfiggere il nemico, e Allan dividerà il gruppo in più squadre di combattimento prima di giungere all'azione. Mina, per vendicare il tradimento, ucciderà Gray ponendogli davanti il suo ritratto, che raffigura un Dorian sfigurato dal tempo e dalle ferite (l'invulnerabilità di Dorian è dovuta infatti al fatto che è il ritratto, e non lui, a subire invecchiamento e danni fisici) e ridotto a uno scheletro. Una volta mostrato a Dorian, il suo aspetto e quello raffigurato nel ritratto si scambiano: il ritratto torna a mostrare un Dorian giovane e bello, mentre Dorian si trasforma in uno scheletro, che si riduce subito in polvere. Intanto Allan e Tom se la vedranno con M, il cui vero nome è James Moriarty, nemico di Sherlock Holmes. I due riescono a sconfiggerlo, ma a caro prezzo: Allan Quatermain, infatti, muore pugnalato dal professor Moriarty, che riesce a fuggire, ma Tom, grazie agli insegnamenti di Allan, riesce a uccidere il professore sparandogli alla schiena da grande distanza, vendicando così la morte dell'eroe. La scena finale ci racconta del funerale, in Africa, all'eroe vittoriano. Sono presenti tutti i membri della squadra, abbattuti dalla perdita di un eroe. Come narra la leggenda però, Quatermain è legato strettamente al "Continente Nero", dato che durante una delle sue avventure uno sciamano gli promise che l'Africa non avrebbe mai permesso la sua morte. Quando tutti si sono allontanati, infatti, uno stregone inizia a danzare accanto alla tomba intonando un canto, scatenando una terribile tempesta, e la terra che copre la tomba comincia a smuoversi.