L'esercito delle 12 Scimmie

Nel 2035 James Cole (Bruce Willis) è un detenuto che, con la promessa della grazia, viene inviato nel passato per indagare sui fatti che hanno portato all'estinzione del 99% dell'umanità e costretto i sopravvissuti a vivere nel sottosuolo per sfuggire al contagio di un virus letale. I detenuti sono obbligati a salire in superficie con speciali tute ermetiche, correndo il rischio di venire contagiati a loro volta, per raccogliere le prove riguardo alla responsabilità di una tale catastrofe. I capi di queste comunità sotterranee sembrano essere degli scienziati che fanno di tutto per poter, un giorno, mettere le mani sul virus originale, che intanto è mutato, per creare un antidoto e riconquistare la superficie.

Tutte le prove portano a un sedicente gruppo ecologista, l'esercito delle 12 scimmie, che avrebbe diffuso il contagio per liberare la Terra da quel cancro che ritengono siano gli esseri umani. In particolare, un murale apparso pochi giorni prima della tragedia porta la scritta "siamo stati noi" ("we did it").

Al suo arrivo nel 1990 (sarebbe dovuto giungere nel 1996 ma c'è stato un malfunzionamento nella macchina del tempo), Cole viene arrestato e detenuto in una clinica psichiatrica, dove incontra Jeffrey Goines (Brad Pitt), anch'egli detenuto, e la dottoressa Kathryn Railly (Madeleine Stowe), un'esperta di malattie mentali caratterizzate da presunte capacità profetiche. Railly inizialmente ritiene Cole malato, ma in seguito inizia a prenderlo sul serio. Goines e Cole stringono una strana amicizia, e quest'ultimo, a causa degli psicofarmaci che gli venivano somministrati, rivela a Goines la sua storia. Goines non crede alle affermazioni di Cole, ma rimane colpito dalle sue parole circa la distruzione della maggior parte dell'umanità.

Imbottito costantemente di farmaci tranquillanti l'unica speranza di tornare nel suo tempo è quella almeno di poter fuggire dall'ospedale. Dopo un tentativo di fuga mal riuscito Cole viene pesantemente sedato e chiuso in una stanza d'isolamento. Quando i dottori vanno a parlagli, però, trovano la stanza semplicemente vuota.

Cole sembra scomparire nel nulla, ma è stato in realtà riportato nel futuro. Dopo un altro errore (viene catapultato al tempo della prima guerra mondiale e qui trova un suo compagno anche lui inviato per sbaglio in quell'epoca), è finalmente inviato nel 1996 pochi mesi prima dell'inizio del contagio.

Qui rapisce la dottoressa Railly, la quale, dopo gli iniziali momenti di terrore, inizia a collaborare allorché James le rivela i dettagli di un caso di cronaca che lo aveva colpito da bambino, cioè nel 1996 un bambino scomparso nel nulla e cercato accanitamente, si era semplicemente nascosto poco lontano da casa, e mano a mano che la vicenda alla radio si arricchisce di particolari si rivelano esatti ancor prima che chiunque altro lo venisse a sapere.

Insieme scoprono che Jeffrey è il fondatore dell'esercito delle 12 scimmie, nonché figlio di un noto virologo. L'indagine continua, ma improvvisamente Cole viene richiamato nel futuro.

Intanto la dottoressa, ancora scossa dall'esperienza, riconosce in una foto della prima guerra mondiale, riguardante il mistero di un uomo comparso all'improvviso nelle trincee francesi, proprio Cole.

Questi viene di nuovo inviato nel 1996, ma stavolta scopre l'amore, corrisposto, per la Railly e fa di tutto per rimanere dov'è. Cole si autoconvince di essere effettivamente malato e di essersi inventato di provenire dal futuro (complici l'atmosfera allucinante del futuro e voci che solo Cole può sentire), cosa che la Reilly inizialmente sosteneva. Ascoltando poi la dottoressa, la quale solo ora si è convinta della veridicità della storia, Cole ritorna nel dubbio di cosa sia reale e cosa no.

Si dirigono verso l'aeroporto e nel taxi scoprono che il piano di Goines era quello di liberare gli animali dello zoo (l'abbiamo fatto noi). Tirano un sospiro di sollievo, ma arrivati all'aeroporto un araldo del futuro (ossia Josè, compagno di cella di Cole e precedentemente inviato anch'esso per errore al tempo della prima guerra mondiale) gli intima di trovare il vero responsabile e di prendere il virus. Questi si scoprirà essere un biologo dipendente del padre di Goines. Il virologo, fervente religioso, si era infatti convinto di essere inviato da Dio per essere la sua mano vendicativa nei confronti del genere umano e il virus stesso è l'arma che l'onnipotente gli avrebbe donato.

Nel tentativo di fermarlo prima che prenda l'aereo e sparga il virus per il mondo e prevenire il futuro terrificante che ha vissuto, Cole corre in aeroporto oltrepassando ogni controllo con un'arma in mano.

Viene ucciso con un colpo di pistola sparato da un agente dalla sicurezza dell'aeroporto, e tutto ciò davanti a sé stesso da bambino: è la stessa scena che viene mostrata all'inizio del film durante un sogno di Cole (che sta ricordando appunto quell'episodio accaduto quando era piccolo).

Nelle ultime scene, già all'interno dell'aereo, viene inquadrato il biologo recante con sé i virus mentre conosce una donna, uno degli scienziati che ha spedito Cole nel passato per trovare la cura.