X-Men - Conflitto finale

Vent'anni prima degli eventi del film, Charles Xavier e Erik Lehnsherr offrono il loro aiuto all'undicenne Jean Grey, una giovane mutante dai poteri potenzialmente illimitati che corre il rischio di essere sopraffatta da essi. Anni dopo gli X-Men apprendono una novità: in collaborazione con il governo degli USA, la società farmaceutica Worthington, il cui fondatore è Warren Worthington, ha elaborato una cura definitiva per il gene mutante. Il Segretario del Dipartimento degli Affari Mutanti, "Hank" McCoy, si reca dunque da Xavier comunicandogli la notizia.

Alcuni mutanti, come Rogue, vedono il loro potere come una maledizione e decidono di sottoporsi alla cura volontariamente; Magneto, invece, la percepisce come un possibile sterminio della razza mutante e decide così di reclutare un esercito per sottomettere gli esseri umani: tra questi ci sono Callisto (Dania Ramirez), il Fenomeno, l'Uomo Multiplo, Pyro, Kid Omega (Ken Leung), Psylocke (Mei Melançon) e Arclight (Omahyra Mota) .

Intanto McCoy scopre che il siero è ricavato dal DNA di Jimmy, un ragazzino mutante con l'abilità di annullare i poteri di qualunque suo simile gli si avvicini, informazione percepita anche da Mystica che è stata catturata dall'FBI. Durante il trasporto di quest'ultima in un carcere federale, Magneto assalta il convoglio per salvare la sua vecchia alleata. Nonostante l'azione riesca, una guardia dotata di una pistola caricata con cartucce di siero anti-mutante colpisce Mystica, togliendole i poteri. Magneto quindi la abbandona giudicandola come non più utile per la sua causa.

Scott Summers, ancora disperato per la morte di Jean Grey, sente delle voci nella sua testa che lo conducono ad Alkali Lake, dove incontra proprio una rediviva Jean. I due si riabbracciano e la mutante chiede a Scott di guardarla negli occhi senza indossare gli occhiali protettivi; Ciclope acconsente, ma purtroppo per lui qualcosa nella sua amata è cambiato e viene ucciso dai suoi poteri, ormai amplificati e dei quali non ha controllo. Wolverine e Tempesta, giunti sul luogo, trovano Jean priva di conoscenza e gli occhiali di Scott. Dopo averla trasportata e messa in osservazione alla scuola, il Professor Xavier spiega che Jean è una delle mutanti più potenti della Terra e che nel corso degli anni ha però sviluppato un alter ego chiamato, durante le loro sedute di ipnosi, "La Fenice" una forza malvagia di puro istinto. Xavier per evitare che la Fenice si manifestasse nel pieno della sua forza, applicò in Jean della barriere psichiche in modo da confinarla. Ma sembra che dopo lo schianto avvenuto nell'acqua del lago essa ormai si sia totalmente liberata.

Jean riprende conoscenza e mostrandosi confusa domanda dove si trovi. Wolverine chiede a Jean cosa è successo a Scott, scoprendo infine che la Fenice avendo preso il sopravvento su di lei lo ha ucciso, così Jean implora Wolverine di ucciderla prima che perda il controllo ed uccida altri innocenti. Malauguratamente la Fenice riprende il sopravvento, aggredendo Wolverine per poi darsi alla fuga. Appresa la notizia, Xavier, Tempesta e Wolverine si recano a casa di Jean dove incontrano anche Magneto ed i suoi alleati. Dopo un furioso litigio, Jean uccide Xavier e si unisce alla Confraternita di Magneto. Gli X-Men restanti (Wolverine, Tempesta, Uomo Ghiaccio, Bestia, Colosso e Shadowcat) giungono ad Alcatraz, dove intanto l'esercito di Magneto sta attaccando la compagnia farmaceutica produttrice del siero anti-mutante.

Durante la feroce battaglia tra soldati dell'esercito e mutanti, in cui molti di questi ultimi vengono "curati", Bestia riesce ad iniettare il siero a Magneto facendogli perdere i poteri. Al termine dello scontro sopraggiunge Fenice, che in preda ad una furia cieca inizia a distruggere qualunque cosa intorno a lei con delle onde di energia. In un momentaneo attimo di lucidità, Jean implora Wolverine di ucciderla: lui è il solo in grado di farlo, in quanto unico mutante dotato di poteri di auto-guarigione sufficientemente forti da permettergli di superare le onde di energia senza morire. Riluttante, Wolverine dichiara il suo amore a Jean e la uccide trapassandola con i suoi artigli di adamantio.

Tempo dopo, la scuola è ancora attiva nonostante la scomparsa di Xavier, con Tempesta nel ruolo di preside e Logan come uno degli insegnanti. Intanto, Hank viene nominato ambasciatore dell'ONU come simbolo di pace tra umani e mutanti. Rogue torna alla X-Mansion e rende noto a Bobby di aver preso il siero, in modo da poterlo finalmente toccare senza fargli del male. Magneto, ormai privo di poteri, vestito come una persona qualunque sta giocando da solo a scacchi in un parco; quando prova a muovere una pedina con l'imposizione delle mani questa si muove debolmente, lasciando intendere che la cura non fosse permanente.

Scena dopo i titoli di coda

Al termine dei titoli di coda, la dottoressa MacTaggert esamina un paziente in stato di coma, il quale la saluta con la voce di Xavier, facendo supporre che il mutante sia riuscito in qualche modo a sopravvivere allo scontro con Jean, trasferendo la sua mente nel paziente in stato di coma, che si vede anche all'inizio del film, quando il mutante teneva una lezione ai suoi studenti.