1999 - Conquista della Terra

America del Nord, anno 1991. Nel 1983 (dieci anni dopo gli eventi del film precedente) una misteriosa epidemia aliena ha sterminato i cani e i gatti, lasciando così l'uomo senza animali domestici. Per rimpiazzarli, gli uomini iniziano ad addomesticare le scimmie e in seguito a renderle schiave, sfruttandole per l'esecuzione di svariati lavori manuali.

In questo futuribile mondo distopico per le scimmie, vive il giovane scimpanzé Cesare (Roddy McDowall) (figlio di Zira e Cornelius, due scimpanzé intelligenti provenienti dal futuro), sotto la custodia del Señor Armando (Ricardo Montalbán), con il quale cammina per la metropoli distribuendo volantini del suo circo. Armando è conscio del fatto che la capacità di parlare di Cesare deve essere celata alle autorità perché il governo teme che l'esistenza di Cesare comporterebbe l'oppressione del genere umano. Per la strada i due assistono a un gruppo di guardie che picchiano selvaggiamente una scimmia schiava che aveva commesso un errore, e dalla rabbia Cesare urla involontariamente: "Luridi esseri umani!" in mezzo alla folla di curiosi. Cesare si allontana dalla scena mentre Armando distrae le guardie e i presenti affermando che sia stato lui ad aver urlato.

Più tardi Armando nasconde Cesare sotto una scalinata e gli dice che andrà dalla polizia per cercare di risolvere l'inconveniente. Durante l'assenza del padre adottivo, Cesare si vede costretto a nascondersi in una gabbia di oranghi e ben presto impara di persona la crudeltà alla quale i suoi simili sono sottoposti. Egli viene in seguito venduto all'asta al governatore Breck, che permette alla scimmia di scegliersi un nome indicandone uno a caso dalla pagina di un libro e lo scimpanzé poggia sul nome "Cesare" fingendo che sia una coincidenza. Cesare viene quindi messo al lavoro dal capo aiutante di Breck, l'afroamericano MacDonald il quale prova pietà per le scimmie. Trascorrendo del tempo con Cesare, MacDonald alla fine capisce chi sia veramente.

Nel frattempo Armando viene interrogato dall'ispettore Kolp (Severn Darden), il quale sospetta che la sua "scimmia da circo" sia il figlio di Zira e Cornelius. In seguito Kolp sottopone Armando all'Autenticatore, un macchinario che costringe la gente a dire la verità contro la loro volontà. Armando ammette di conoscere Cornelius, ma pur di non rivelare altro, decide di suicidarsi buttandosi dalla finestra. Cesare viene a conoscenza della drammatica morte dell'unico essere umano che in tutta la sua vita lo rispettava, e colto dalla rabbia, dalla disperazione e dalla sete di vendetta, inizia a complottare contro gli umani. Durante i suoi turni di lavoro, Cesare forma un'alleanza segreta di scimmie schiave che vengono ispirate a compiere atti di disobbedienza.

Ben presto Cesare organizza una vera e propria ribellione di scimmie schiave insegnando loro come usare oggetti come armi dopo averli segretamente raccolti e rubati. Nel frattempo Breck apprende da Kolp che la nave che aveva presumibilmente consegnato Cesare con il carico di oranghi proveniva da una regione senza scimpanzé. Sospettando che il lavoratore "Cesare" sia il figlio delle scimmie intelligenti del futuro, Breck manda i suoi uomini ad arrestarlo e in seguito lo torturano con l'elettricità finché lo scimpanzé non si mette ad implorare pietà. Orripilato dalla parlata di Cesare, Breck ordina di giustiziarlo immediatamente. MacDonald, all'ultimo istante, spegne di nascosto l'elettricità del tavolo di tortura di Cesare, permettendogli così di liberarsi e scappare dopo aver strangolato il torturatore.

Cesare raggiunge il covo segreto della sua ribellione e dà inizio alla rivolta delle scimmie. In seguito a un violento scontro dal quale le scimmie escono vittoriose uccidendo i poliziotti che cercavano di combatterle, l'esercito di Cesare assale il centro di comando delle scimmie schiave, appiccando un incendio all'edificio e massacrando la maggior parte del personale. Breck viene catturato e portato fuori per essere giustiziato dalle scimmie. MacDonald li raggiunge e implora a Cesare di avere pietà. Cesare, inizialmente accecato dalla furia, sceglie di non ucciderlo e così ordina alle scimmie di abbassare le armi. Il film si chiude con il discorso che Cesare recita ai suoi alleati.