X-Men

Polonia, 1944. In un campo di concentramento, durante la seconda guerra mondiale, un ragazzo di origini ebraiche di nome Erik Lehnsherr viene separato violentemente dai suoi familiari. Si tratta di un mutante, e la sua collera arriverà a contorcere il cancello di metallo che lo separa dalla madre, trascinata all'interno del campo. Erik, disperato, è trattenuto dai soldati nazisti.

Circa sessanta anni dopo, una ragazza di nome Marie conduce una vita serena e, nell'intimità della sua stanza, scambia il suo primo bacio con il suo ragazzo. Si scopre che è anch'essa una mutante, quando il ragazzo rimane quasi ucciso dopo aver toccato le sue labbra. Spaventata, decide di fuggire. A Washington, durante un congresso, il senatore Kelly cerca di far passare la legge sulla "Registrazione dei mutanti", facendo notare quanto questi siano pericolosi per la civiltà potendo rimanere nascosti. Nonostante il parere contrario della dottoressa Jean Grey (Famke Janssen), la popolazione sembra supportarlo. Anche Erik Lehnsherr è presente al congresso e viene avvicinato dal professor Charles Xavier, che scopriamo essere un vecchio amico dell'ormai anziano Erik Lehnsherr che spiega a Xavier che prima o poi ci sarà una guerra tra mutanti ed esseri umani, ma lui, riuscito a sopravvivere agli orrori dei campi di concentramento, teme che possa accadere una situazione analoga. Intanto Marie arriva in Canada dove incontra in un bar l'ambiguo e solitario Logan, un mutante con capacità rigenerative e di far emergere degli artigli dalle proprie mani. I due fanno amicizia, ma vengono fermati da un energumeno di nome Sabretooth, che attacca Logan. L'arrivo di Tempesta e Ciclope mette in fuga il bestione e questi salvano sia Marie che Logan.

Logan, che viene soprannominato Wolverine, si risveglia alla X-Mansion, una scuola privata per giovani mutanti, dove incontra il Professor Xavier; questi gli spiega di essere anch'egli un mutante, un potente telepate, e che ha costruito una scuola per "giovani dotati" allo scopo di insegnare ai ragazzi ad usare al meglio i propri poteri (anche dal punto di vista etico), tra i quali Marie soprannominata Rogue. Wolverine fa la conoscenza del gruppo degli X-Men, mutanti odiati da quegli esseri umani che loro stessi difendono: Scott Summers alias Ciclope, il leader del gruppo, che può emettere potenti raggi dagli occhi; Ororo Munroe alias Tempesta, che può comandare gli agenti atmosferici; Jean Grey, fidanzata di Scott, telepate e dotata di enormi poteri telecinetici di cui lei stessa ignora le potenzialità. Xavier spiega a Logan che c'è anche un gruppo di mutanti malvagi, conosciuto come la Confraternita, e di cui fanno parte Erik Lehnsherr alias Magneto, suo ex amico, che può manipolare i metalli; Victor alias Sabretooth, potente bestione primordiale; Mortimer Toynbee alias Toad (Ray Park), un ranocchio umano; Raven Darkholme alias Mystica, una mutaforma. Secondo Xavier, Magneto vuole qualcosa da Wolverine e chiede al mutante di combattere al fianco degli X-Men promettendogli di rivelargli tutto sul suo passato, di cui Wolverine non ha più memoria.

Il senatore Kelly viene rapito e portato nel covo di Magneto, dove questi gli mostra un macchinario, da lui ideato, che è in grado di trasformare gli umani in mutanti. Gli X-Men scoprono che la macchina di Magneto trasforma gli umani in invertebrati che muoiono nel giro di poche ore. Wolverine ben presto scopre che in realtà Magneto vuole Rogue per sfruttare il suo potere (di assorbire l'energia vitale degli esseri umani e i poteri degli altri mutanti) e dare energia alla macchina, tramutando milioni di persone nel centro di New York, tra cui tutti i potenti della Terra riuniti ad un Summit. Con l'aiuto di Tempesta, Jean e Ciclope, Wolverine giunge a Liberty Island, dove riesce a fermare Magneto e i suoi alleati, e a salvare Rogue.

Nel finale, Wolverine parte per Alkali Lake, luogo dove crede di poter trovare indizi sul suo passato, Mystica finge di essere il Senatore Kelly, che in realtà è morto per mano della Confraternita, mentre il Professor Xavier va a far visita a Magneto nella sua prigione.