G.I. Joe - La nascita dei Cobra

Nel 1641 le spie del re di Francia catturano in Scozia il commerciante d'armi James McCullen IX (David Murray) per aver venduto armi, oltre che alla Francia, anche ai nemici di quest'ultima. L'arrogante trafficante deride la limitatezza dei suoi acquirenti, affermando che il suo modo di fare gli affari permetterebbe di controllare le guerre, ma coloro che lo hanno imprigionato non vogliono ucciderlo, bensì farne un esempio, e per questo gli applicano una maschera di ferro, ancora rovente, che diventerà il suo nuovo simbolo.

Nel futuro prossimo, l'esperto di armi James McCullen (lontano discendente del primo, in quanto il suo nome sarebbe James McCullen XXIV) crea un'arma basata sulle nanotecnologie in grado di distruggere una città intera. MARS, la sua azienda, vende quattro testate alla NATO, e l'esercito americano ha il compito di trasportarle e proteggerle. Duke e Ripcord le stanno trasportando, quando cadono in un agguato da parte di un gruppo di soldati capitanati dalla Baronessa, in cui Duke riconosce la sua ex-fidanzata Ana Lewis. Duke e Ripcord vengono salvati da Scarlett, Snake Eyes (Ray Park) e Heavy Duty, che, prese le testate, si dirigono al The Pit, il centro di comando G.I. Joe in Nord Africa, e così arrivano all'appuntamento con Hawk, il capo del G.I. Joe Team. Hawk prende il comando delle testate, mentre Duke e Ripcord chiedono di rientrare a far parte del gruppo nonostante la disfatta. Quando tutti si riuniscono nella sala comandi, Duke rivela di conoscere la Baronessa.

McCullen vuole utilizzare la nanotecnologia stessa per costruire un esercito di soldati con l'aiuto del Dottore, pensando di usare le testate per scatenare il panico e realizzare un nuovo ordine mondiale. Usando un dispositivo di tracciamento, McCullen individua il The Pit e invia il ninja Storm Shadow e la Baronessa a recuperare le testate, con l'assistenza di Zartan (Arnold Vosloo) . Dopo un combattimento, Storm Shadow e la Baronessa recuperano le testate e le portano al barone DeCobray, il marito della Baronessa, per attivarle. Dopo di che la Baronessa e Storm Shadow le usano per distruggere la Torre Eiffel, dimostrandone la potenza distruttiva. Dopo un lungo inseguimento dei Joe, Duke riesce a colpire il kill switch e quindi a risparmiare Parigi, ma facendo ciò viene catturato e portato alla base sottomarina di McCullen situata nell'Artico.

I Joe individuano la base segreta e si preparano al recupero di Duke. Intanto McCullen usa le tre testate rimaste per costruire dei missili nano-acaro da lanciare sulle città più importanti del mondo, tra cui Washington, per distruggerle. Snake Eyes riesce ad eliminare un missile, Ripcord inizia a seguire quelli rimanenti in un Night Raven (prototipo di jet costruito dalla MARS), mentre Scarlett e il resto del gruppo si infiltrano nella base. Scarlett, Breaker e Snake Eyes tentano di bloccare la base artica, mentre Heavy Duty attacca la base dei Cobra. Duke scopre che il Dottore è Rex Lewis, il fratello di Ana, che riteneva fosse rimasto ucciso in una missione guidata da lui stesso quattro anni prima, mentre in realtà Rex era rimasto intrappolato in un bunker con il dottor Mindbender. La Baronessa tenta di liberare Duke, ma il dottore rivela di avere impiantato i nano-acari anche in lei, che ha messo sotto il suo controllo per gli ultimi quattro anni, ammettendo il suo stupore circa la sua resistenza alla riprogrammazione.

Nel tentativo di uccidere Duke, McCullen finisce per rimanere bruciato, e fugge con Rex in un sottomarino da fuga. Duke e la Baronessa iniziano a inseguirlo, mentre i Joe si ritirano quando Rex attiva l'autodistruzione della base. Nel frattempo si scatena un combattimento tra Storm Shadow e Snake Eyes, in cui il primo ricorda all'avversario di aver ucciso il loro maestro quando entrambi erano studenti del dojo di Hard Master (Gerald Okamura), cosa che ha causato il silenzio di Snake Eyes. Allora Snake Eyes riprende furiosamente il duello e tempesta l'avversario di colpi, finendo col conficcargli la lama della spada nel petto. Storm Shadow, nonostante il dolore, muore con dignità, e rivolge a Snake Eyes uno sguardo di disprezzo prima di precipitare nelle gelide acque polari. Ripcord riesce a distruggere i missili rimanenti.

Tramite un'iniezione di nano-acari, Rex riesce a guarire il viso bruciato di McCullen, rendendolo argentato e sottoponendolo al suo controllo, dandogli il nome di Destro, mentre Rex assume l'identità del Comandante Cobra, il malvagio capo dell'organizzazione terroristica conosciuta come Cobra. Subito dopo l'intero esercito dei Joe circonda il suo sottomarino e riescono a catturare i malvagi. A bordo della USS supercarrier Flagg, la Baronessa si trova in custodia cautelare fino a quando non sarà possibile rimuovere i nano-acari dal suo corpo. Nel frattempo, Zartan, essendo stato in precedenza operato da Rex, si infiltra nella Casa Bianca durante la crisi dei missili e assume l'identità del presidente degli Stati Uniti.